萌宝战警因一个恐龙蛋的到来开启了全新任务。古生物的复活引来了黑暗势力的争夺，在保护小恐龙的过程中，意外发现了其他恐龙蛋以及恐龙DNA的秘密。经改造，萌宝战警分别拥有了自己的机甲恐龙，危机时，与他们并肩作战。

继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。