三位小魔仙希雅、海昕和夏凡在化解了海萤堡的灾难后，回到人类世界-悦悠岛，成为了海洋保育馆的见习保育员。在保育馆的见习生活中，她们学习了解到各种海洋知识，并积极参与到救助海洋生物的行动中。然而，一个自称“铁鹰战队”的神秘团队突然造访悦悠岛，利用各种高科技装备，四处捕捉各种海洋生物。这一切原来是精于制造各种机器的幻仲博士在幕后指使的，希雅、海昕、夏凡三人随即用魔仙力量与之展开一场保护海洋生物的战斗。

星缘奇境是一座浮空岛，中央的星缘堡顶端围绕着具有强大魔法能量的三颗星石，是少女们美好生活的象征。觊觎星石力量的黑魔仙，伺机抢夺，却意外使星石碎裂散落。三只守护星石的穿梭精灵来到人类世界，命运般的邂逅了三个少女。少女的爱心和勇气唤醒了巴啦啦能量，她们在穿梭精灵的陪伴下，不断成长，寻找星瓣，合成星石。个性迥异她们互相支持，最终收获友谊成为真正的巴啦啦小魔仙。