在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃，恰巧遇见正在修业旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕……
本片为小学馆创立90周年的纪念之作。
野泽雅子,堀川亮,鹤广美,草尾毅,田中真弓,佐藤正治,古川登志夫,渡边菜生子,皆口裕子,石冢运升,盐屋浩三,山寺宏一,森田成一,中尾隆圣,山路和弘,岸尾大辅,三木真一郎,乃村健次,伊藤美纪,中原茂
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