将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
野泽雅子,堀川亮,鹤广美,草尾毅,田中真弓,佐藤正治,古川登志夫,渡边菜生子,皆口裕子,石冢运升,盐屋浩三,山寺宏一,森田成一,中尾隆圣,山路和弘,岸尾大辅,三木真一郎,乃村健次,伊藤美纪,中原茂
平川大辅,河原木志穗,冈岛妙,井本惠子,田中凉子,高桥智秋,永见遥,松本吉朗,亚城惠,栗林美奈实,古原奈奈,祭田绘理,神月葵,南波华月
浅沼晋太郎,齐藤壮马,中村悠一,石桥阳彩,江口拓也,加隈亚衣,山村响,梅原裕一郎
内山昂辉,花泽香菜,东山奈央
水桥研二,近藤好美,花村怜美,尾上绫华,水野理纱,寺崎裕香,中村祐子,岩崎征实,内藤玲,下崎纮史,平野贵裕,中川玲,井关佳子,井上优,加古临王,中村梨香,须加美纪,鲑延未可,新鹿由美子,斋藤由香子
三矢雄二,难波圭一,日高范子,银河万丈,稻叶实,盐泽兼人,千叶繁,小宫和枝,增冈弘,井上和彦,富永美伊奈,内海贤二,田中秀幸
