在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
野泽雅子,堀川亮,鹤广美,草尾毅,田中真弓,佐藤正治,古川登志夫,渡边菜生子,皆口裕子,石冢运升,盐屋浩三,山寺宏一,森田成一,中尾隆圣,山路和弘,岸尾大辅,三木真一郎,乃村健次,伊藤美纪,中原茂
野上尤加奈,中村悠一,岛村侑,水岛大宙,早见沙织,堀江由衣,小野大辅,水桥香织,鹿野优以,伊藤静,浅野真澄,钉宫理惠,浅川悠,山口胜平
浅野真澄 , 甲斐田 裕子 , 真堂 圭 , 生天目仁美 , 茅原 実里 , 門脇 舞以 , 浅川 悠 , 武田 華 , 斎藤 千和 , 日野 聡 , 阪口周平 , 田辺留依 , 巽悠衣子 , 日笠陽子 , たかはし智秋 , 石川英郎
平川大辅,河原木志穗,冈岛妙,井本惠子,田中凉子,高桥智秋,永见遥,松本吉朗,亚城惠,栗林美奈实,古原奈奈,祭田绘理,神月葵,南波华月
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