拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ,这名字在日语中带有“深青”的意义),是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明,而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因,使得他能够看见人眼所不能看到的东西,如粒径为20nm大小的光粒子,红外线、紫外线等等(但在外太空这一特殊生理受到限制)。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活,现正在Generation Blue(蓝色世代)中。
女主角的名字将是阿拉塔·娜露,同样是13岁,是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达,是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能,这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长,从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合,但正是因为这样,导致她自小身体虚弱,需要把氧气放入在手上的吸氧器,现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。
本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上,当时的磐户岛正进行著自治权回复运动,但在某一天,在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击,而为了保护磐户岛,男主角青与人型IFO(Intelligent Flying Object)相遇,并与G-Monster战斗的故事就此展开。
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