2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。
7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。
被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。
契约之时，希望被托付给了他们——
野泽雅子,堀川亮,鹤广美,草尾毅,田中真弓,佐藤正治,古川登志夫,渡边菜生子,皆口裕子,石冢运升,盐屋浩三,山寺宏一,森田成一,中尾隆圣,山路和弘,岸尾大辅,三木真一郎,乃村健次,伊藤美纪,中原茂
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