雨果和父亲大山生活在一个普通的小村庄里,但她却去过一个不为人知的神奇之地,那里就是神秘世界。一个与人类世界平行的神奇空间,普通人进入神秘世界,三天后就会变成动物。传说,是神创造了这个神奇的世界,每年会有99只动物被选到这里,并成为族民,族长是一只奇怪的动物,它叫啦啦,是雨果最好的朋友。
雨果自从记事后,就没有见过自己的妈妈。大山告诉雨果,妈妈常年在外进行科考工作。雨果非常想念妈妈,经常给她写信。一天,雨果突然发现,她写给妈妈的信并没有寄走,而是被大山藏了起来。雨果追问妈妈的下落,大山不得已说出了埋藏在心底多年的真相。原来,雨果的妈妈也曾经发现过神秘世界。
为了寻找妈妈的下落,雨果和大山再次前往神秘世界。雨果的出现,为神秘世界带来了一个充满惊喜的早晨。雨果与神秘世界中的好朋友们再次重逢,族长啦啦的法术进步神速,熊大叔暗恋上了功夫与美貌并存的原住民首领兰。好朋友们正沉浸在重逢的喜悦中,一只疯疯癫癫的企鹅出现,它说神秘世界即将毁灭,因为有一只恶龙闯入了神的领地......
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