西历2071年,迷之机械细胞群突然开始了世界规模的人类讨伐作战计划。2074年,经过长期抗战之后,处于劣势的人类动用了最终破坏兵器,为了歼灭敌人,甚至不惜付出牺牲自己国家庞大国土的代价。于是主要大陆被分成了数块,南极大陆也消失了,地球上的50%以上的陆地被海水所淹没。大战经过了十年后……
原本在大战中受伤而退伍不再当飞行员的冬后大佐,却突然接到了特殊命令。负责教育驾驶日本海军机密研发的、汇集了所有最新设计理念的新武器的飞行员们。令人惊讶的是,这三名飞行员候补生都是十几岁的女孩子。精英军人家庭中成长的一条瑛花也就算了,看着与战争看起来扯不上边的IQ200的天才少女园宫可怜、以及看起来唯一的优点就是有精神的少女樱野音羽这两个人,冬后哑口无言……在严酷的训练中,三人之间的羁绊也越来越深了。
被称为“SKYGIRLS”的少女们,背负着人类的未来和希望。现在正翱翔在这广阔的天空中!!
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